하천에는 우리 눈에 보이지 않는 플랑크톤들이 살고 있는데 만일 하천에 이 플랑크톤들의 먹이가 되는 영양분이 크게 증가하게 되면, 이 영양분을 먹고 사는 플랑크톤도 크게 늘어나게 된다. 녹조는 식물성 플랑크톤인 녹조류가 많은 영양분을 먹고 크게 늘어나게 되면서 벌어지는 현상이다.

일반적으로 녹조는 수중 생태계에서 가장 하위계급을 차지한다. 그렇기 때문에 용존산소와 더불어 없어서는 안 될 존재이고, 플랑크톤을 섭식하는 개체가 제대로 유지될 경우엔 그 개체가 녹조가 증가하는 족족 먹어 치우므로 녹조 현상이 일어나지 않는다. 그러나 이런 균형이 깨져 녹조가 이상 증식하는 경우가 간혹 발생한다.

이렇게 되면 하천 생태계는 심각한 문제가 생기게 되는데 녹조가 하천 표면을 뒤덮어 버리면서 태양빛을 차단시키고 하천 생태계 생존을 위해 필요한 용존산소의 공급이 차단된다. 그렇게 되면 결과는 하천에 사는 물고기와 수중생물들이 그대로 죽게 된다. 

즉 적조는 바다, 녹조는 하천에서 발생한다는 점과, 적조는 적색을 띄고 녹조는 녹색을 띈다는 점을 제외하면 적조와 녹조는 본질적으로 같은 현상이다. 당연히 생태계에 미치는 영향도 같다.

적조와 비교하면 녹조가 일반인들에게 더 알려졌는데, 녹조는 일단 육지에서 발생하기 때문에 직접 목격하는 사람이 많고, 상수원에 영향을 준다는 점과, 적조는 하천따위는 범접할 수 없는 넓은 바다에서 일어나는 현상이라서 녹조에 비해 비교적 피해가 덜하기 때문이다. 다만 적조는 양식업 어민에게는 기반이 흔들릴 정도의 매우 치명적인 피해를 입히며 어패류 물가에도 영향을 끼친다.

녹조나 적조를 일으키는 어떤 조류는 독소까지 내뿜어서 더 큰 피해를 야기한다. 남조류가 그런 케이스로 남조류가 내뿜는 독소는 사람이 기르는 가축을 죽일 정도로 강력하다. 실제 미국이나 일본에선 남조류 독소로 인한 가축피해가 보고되기도 했다.

자연적으로 토양의 유기물질이 녹아들어가 녹조가 발생하는 경우도 종종 있지만 현대에 일어나는 녹조현상의 원인은 거의 사람의 활동이다. 하천에 폐수를 무단 방류해 부영양화 현상을 유발하게 되면 자연히 녹조가 생겨나게 될 수 밖에 없다. 또한 하천의 유속이 줄어도 녹조 현상이 일어날 수 있는데 댐과 같은 인공 구조물로 인해 유속이 느려진 경우나 하천 상류에서 공사를 해서 토사가 내려와 유속이 느려진 경우에도 발생한다.

또한 자연적으로 큰 홍수가 난 후에도 녹조 현상이 일어날 수 있는데, 홍수로 인해 강 폭이 넓어지고 이로 인해 유속은 줄어드는데다가 우리나라 기후 특성상 장마이후에는 뙤약볕과 무더위가 지속된다. 그로 인해 수온이 올라가고 이로 인해 녹조가 자라기 좋은 환경이 조성되게 된다. 당연하지만 여름 평균기온이나 습도가 한국보다 훨씬 높은 일본에서도 자주 일어나는 현상이다.

반대로 하천 자체가 흙탕물이 되면 수중에서 광합성이 어려워서 녹조류가 거의 자라지 않게 되는데, 녹조 자체가 수중 생태계에서 가장 하위에 속하는 만큼 이런 하천에서는 생명체가 살 수 없다.

2012년~13년 사이에는 녹조 현상과 관련되어 녹조라떼라는 단어가 유행중이다. 낙동강 등지에 녹조의 발생이 심화되어 걸쭉해지기까지 한 물의 상태를 '녹차라떼' 음료에 비유하여 표현하는 말이다.
근래 상주보와 바로 아래 낙단보에서 유해 남조류인 ‘아파니조메논’이 급속히 퍼져나가고 있다. 환경부의 특별관리 지역이라는 말이 무색하다. 

낙동강 상류인 상주보 일대는 인공 보가 설치된 뒤 전에 없던 녹조가 관측되고 있다. 달성보에서도 녹조가 발생했다. 녹조문제는 4년째 제자리 걸음을 반복하고 있다. 정부의 체계적이고 빠른 대처가 절실하다.