환경부는 작년 11월 이후 발생한 구제역 매몰지역에 대한 2/4분기 지하수 수질모니터링 결과 7,917개소 중 2,519개소에서 수질기준을 초과하였으나, 축산폐수, 비료, 퇴비 등에 의해 질산성 질소, 암모니아성 질소 등이 초과한 것이며 매몰지 침출수로 인한 영향은 아닌 것으로 밝혀졌다.

이번에 지하수 모니터링은 1분기와 동일하게 국립환경과학원, 지방환경청, 지자체에서 가축매몰지 주변 300m 이내 이용중인 지하수 관정을 대상으로 실시하였으며, 1단계 조사에서 암모니아성질소, 염소이온, 질산성질소 등이 고농도 검출 및 동반검출 지점, 매몰지와 이격거리 등을 고려하여 추가로 아미노산 및 mtDNA 방법에 의해 정밀분석(각각 334 및 105개소)을 실시하여 지하수오염 원인을 규명하였다.

환경부 3,000개 조사 시료 중 2,500개소는 (사)한국지하수토양환경학회에 용역의뢰로, 500개소는 지방환경청에서 수행했다.

지하수 관정 1,003개소에 대한 병원성미생물 조사는 반기별 1회 이므로 1분기 조사와 결과가 동일하여 본 자료에서는 제외하였다.