전북농업기술원에서 도내 120곳의 시설재배지 토양을 채취하여 중금속 7성분을 분석한 결과 토양오염우려기준을 초과한 지역은 없었고, 20 cm 깊이 이상의 심토에서도 같은 결과를 보였다고 밝혔다.

아연함량은 기준의 1/3수준인 94 ppm, 구리함량은 기준의 1/5 수준인 29 ppm, 비소는 1/2수준인 13 ppm으로 나타났고, 나머지 성분은 1/10수준으로 매우 안전하며, 2008년 조사와 비교하면 아연이 11 ppm 증가하였을 뿐 나머지 성분은 변화가 없었다.

시설재배지 뿐만 아니라 모든 농경지에서 필요이상의 가축분퇴비나 불량유기물을 사용할 경우 아연이나 구리 같은 일부 중금속이 증가할 수 있어 사용에 주의를 해야 한다.

농업기술원에 따르면 시설재배지에서 퇴비는 잘 발효된 공정규격품을 적절한 양만 사용해야 하고, 작물에 따라 필요한 퇴비사용량을 알기 위해서는 정식하기 전에 시군농업기술센터나 농업기술원에 토양시료를 의뢰하여 작물별 시비처방을 받는 것이 가장 효과적인 방법이라고 하였다. 잘 발효된 퇴비는 냄새를 맡았을 때 흙냄새가 나야하는데, 퇴비를 만든 원료의 냄새가 나거나, 역겨운 냄새가 나면 발효가 안 된 것이므로 반드시 발효 여부를 확인해야 한다고 하였다.